Некогда известный, а ныне впавший в опалу спецотряд FOXHOUND захватывает военную базу ВС США на Аляске - а вместе с ней и находившийся там в разработке проект Metal Gear REX, боевого робота, снабженного электромагнитной пушкой, способной запускать ядерные заряды, невидимые радару (так как для них не нужны ракеты - а значит и разгонные ступени, по которым и засекают факт запуска).